「俺はあなたが好きだ！」「僕も君が好きだよ」しかし、同じ気持ち過ぎるからうまくいかない恋もある。相手を受け入れるのではなく、性格的に攻め込みたい緒方×高杉。けれど、心がウルウルと幸せを欲しがって、思わ

抱持着帮助他人而化身魔法少女，与此同时却必须背负着残酷的命运。在接二连三的战斗中，善良的美树沙耶加（喜多村英梨 配音）彻底耗尽自己的生命。当她的尸体被晓美焰（斋藤千和 配音）和佐仓杏子（野中蓝 配音）

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版： 》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。