小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此

精灵宝可梦，简称宝可梦，　　这颗星球上非常非常不可思议的生物，　　在天空、大海、森林、街道之中到处都能看到它们的身影。　　持有不可思议吊坠的来自帕底亚的少女——莉可。　　持有神秘精灵球的来自关

遥远的未来，地球一度变成冰冻星球。幸存的人类移民外太空，建立了繁荣的殖民星球阿瓦隆，并与外星人成立人类银河联盟。与此同时，名为希迪尔斯的异形肆虐繁殖，与联盟展开旷日持久的战争。在一次针对希迪尔斯母星的

　“这是预言哦。你们五人，终会迎来重大的危机。那时，能够保护大家的人是你”& ;　　小时候曾遭到绑架的高中2年级生·堂岛大介，与儿时的好友剀、露、玛丽玛丽、庆作一起，被卷入了不可思议的现象——“